O Administrador Mega Empresarial (MegaERPAdmin.exe) é uma ferramenta que tem como objetivo monitorar e controlar os usuários conectados no sistema, além de outras funções auxiliares. Ele é distribuido com a versão do Mega Empresarial ficando na mesma pasta do Mega Connection Manager. Essa ferramenta é composta por uma tela principal que possui quatro abas cada qual com uma finalidade, são elas: Usuários Logados, Servers, Certificados Digitais e Licenças em Uso. Abaixo, é apresentada uma breve descrição sobre cada uma delas.
O MegaERPAdmin.exe é de uso exclusivo dos administradores do sistema. Os usuários administradores são o usuário MEGA e demais usuário definidos como administrador no cadastro Grupos e Usuários. Portanto, será solicitado um login ao acessar a ferramenta, como na figura a seguir.