Para determinar se a filial irá gerar MDF-e, acessar no módulo Global, o menu Configurações / Parâmetros / Distribuição/ Editar e na aba Transporte marcar a opção "Gerar MDF-e".
No sub menu MDF-e acesse o campo DAMDFE, e defina o formato como o Documento Auxiliar do MDF-e.
É importante que todos os campos desta aba sejam preenchidos para que todos os processos do MDF-e ocorram com sucesso.